秸秆腐熟剂中的有效菌群在合适环境下能快速分解各种有机物和秸秆。分解成的各种养分能有效补充作物生长所需，改良土壤，改善土壤团粒结构，增加土壤通透性，对土壤保水保肥以及农业环境的改善起到了重要作用。秸秆腐熟剂在水稻田上的应用有两种模式。
1、水稻秸秆高留茬还田技术模式
秸秆处理，水稻收割时留茬高30～40厘米。亩留稻草200公斤。春季土壤温度达到12℃以上且土壤含水量能保证在40%以上时，施用益富源秸秆腐熟剂。可选择增施尿素等氮肥以调节碳氮比，将水田碳氮比调至15∶1～30∶1。
旋耕，用旋耕机旋耕，将稻草和秸秆腐熟剂一并翻入土壤中。注意在秸秆处理时，清除病虫害较严重的稻草和田间杂草。
2、秸秆集中堆沤腐熟还田技术模式
益富源秸秆腐熟剂用量为1000公斤秸秆配2公斤腐熟剂。人畜粪总量为100～200公斤，可用尿素5公斤或者碳铵20公斤代替。将水稻秸秆切成3厘米左右，撒铺30厘米厚，再撒10厘米厚的土杂肥、人粪尿、家畜粪等。逐层撒铺，堆成高出地面1米左右为宜。
腐熟，在作物秸秆堆好后，用挖坑的土将肥堆覆盖或加盖黑塑料膜封严沤制。在夏季，秋季多雨高温时期，一般堆沤5～7天，即可作为底肥施用。
田间试验结果表明，水稻秸秆还田 腐熟剂效果稻田，显著提高了秸秆的腐熟效果，提高了作物产量，取得显著的经济效益。同时有效利用了大量的废弃秸秆，改善了生态环境，取得了显著的社会效益。
