由于连年种植，致使病虫害日益严重，产量下降，效益降低，种植户因此被迫更换栽培产地、栽培设施，投入增大，这种连续“重茬”生产严重阻碍了羊肚菌产业的发展。
羊肚菌重茬发生的原因：
1、由于连年种植羊肚菌，设施环境污染。
2、土壤处理不彻底，土壤带杂菌，致使羊肚菌连作时病虫害发生严重。
3、预防意识不强，前一、二年种植羊肚菌病虫害发生较轻，没有引起重视，污染营养袋不及时处理，随处乱扔，为病原菌积累创造条件，由于生产时管理不严，消毒不彻底，害虫随着培养料进棚，致使“病源”到处传播。
羊肚菌重茬的防治方法：
1、清理环境。周边粪堆、草堆、垃圾等要彻底清理干净，并喷洒多菌灵类杀菌药物消毒。
2、土壤消毒。土壤用生石灰进行喷洒或撒施，种植前翻耕晾晒土壤。
3、重茬由于对有益微生物的过度消耗致使菌系失衡。补充有益微生物，喷洒益富源土壤调理菌液或菌菇益生宝，调节菌菇生长微生物环境，恢复生态平衡。
